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不提仁智宫这边，李渊李世民父子正在调集兵力做着进攻长安的准备，就是在此时的长安城中，太子李建成也正在着急的六神无主，一直以来的亲信杨文干的造反，这次对他的打击，不可谓不大，也因此，当他得知了这一消息，并且在随后接到了李渊训斥的诏令之后，他立刻的就将自己的所有谋士全部叫了过来，想要让他们为自己出出主意，然而，令李建成所没有想到的是，这些谋士们所提出的意见，却是两个完全不同的结果。****|
一部分谋士立刻主张既然事已至此，那么不如太子殿下抢先起兵，占据长安之后向仁智宫进军，然而，更多的谋士却是认为，既然太子此前并无反心，那么此时，太子应该立刻赶往仁智宫中，向李渊辩解以及请求宽恕谢罪，毕竟此时的叛乱一切都是杨文干自作主张，而与太子并无太大干系，太子与陛下又是父子情深，因此只要太子能够陛下解释清楚，以陛下对太子的厚爱，他是一定会宽恕太子的过失的，然后，只要发兵剿灭了杨文干，那么这一件事，自然也就会大事化小小事化了，最后，当做从没有发生过一般。而最终，李建成同意了谋士们所提出的第二条建议。
李建成快马加鞭的赶向仁智宫，然后在到达仁智宫不远的地方的时候离开随从，孤身一人的进入宫中向李渊请罪，虽然当听到太子孤身一人到来的时候，李渊心中的怒气就已经消散了一大半，然而即便如此，他却依然也没有对太子露出过好脸色，而眼见父亲发怒，又悔又怕的李建成只感觉天崩地裂一般。于是，他痛哭流涕的向跪在李渊脚边哭诉，甚至有了一死的念头，想要来证明自己的清白，就这样，在太子一片撕心裂肺的痛哭声中。李渊也终于心软了，他宽恕了太子的过错，但是却先命人将太子看管起来，等到平定杨文干的叛乱之后，在做处理。然后，他便叫人去叫李世民，再次的商议平定叛乱事宜。
杨文干的叛乱，果然如同李世民最先所预料的那样，没有人愿意跟随他。而当太子李建成赶往仁智宫向李渊谢罪的消息传出之后，杨文干的部下更是砍了他的脑袋投降，祈求朝廷的宽恕，于是，这次叛乱的事件，就如同一场闹剧一般，很快的就烟消云散了，只是之后。它所造成的影响，却是极为深远。李渊第一次的有了废掉太子的念头。而这一个想法，却会无疑让已经形势已经极为明显的朝堂之上，再次的掀起波澜，而且，当杨文干被杀之后，李渊派人仔细的调查此事。然而他所得到的结果，却是充满了各种的矛盾，让人不得不深感怀疑，在杨文干事件发生的背后，究竟是一场精心策划的阴谋。还是无数个巧合叠加之后所产生的意外……
李渊心知，太子建成应该是的确没有反心的，否则的话，当杨文干叛变的时候，他不会如此的惊慌失措，并且立刻便赶来向自己请罪，不过，太子利用职权，将长安城府库中的兵器盔甲送往杨文干处，用以增加他的实力却是确有其事；根据太子以及他的随从们的口供，太子之所以会这样做，是由于听取了手下谋士们的建议，担心在李渊避暑的时候，秦王李世民会趁机挟持陛下，然后趁机进攻长安，因此，为了以防万一，才这样准备，只是太子殿下也没有想到，最后的结果，居然却是换来了杨文干谋反的结局！！
秦王会在仁智宫中对父皇不利，妄图挟持自己然后趁机进攻长安自立为帝！！这种话，李渊自然不信，不说秦王究竟会不会起这个念头，单说仁智宫，它不仅仅是一座行宫而已，它还是李渊所精心修建的长安外围防御线的核心枢纽，地理位置极为重要，也因此防御在附近的军队，皆是李渊最为信任的将领领军，这些人对李渊忠心耿耿，因此即便秦王想要挟持自己，也根本就没有机会。
所以，太子加强庆州杨文干的实力的行为，唯一的好处，就是扩大他在庆州地方上的实力，不过，由于太子这一次毕竟是为了自己的安危而考虑，因此即便事后暴露受到责罚的话，李渊对于太子的处罚也当然不会严重——而这，应该才是那些谋士们所建议中蕴含的真正含义，毕竟，太子之前就曾经由于违反东宫制度，擅自扩大东宫卫队的编制组建长林兵，也因此而遭到了自己的训斥，并且驱逐了作为长林兵将领的突厥勇士可达志，李渊自己都可以想象的出来，由于那一次事件的影响，谋士们若是再一次的提出相似的意见的话，太子建成必然会因为犹豫而拒绝，因此这些谋士们才不得不出此下策，哄骗太子建成，下达了这样的命令。
由于太子的确没有反心，因此，李渊也的确打心底里宽恕了太子建成的过失，不过，对于那些谋士们擅自耍小聪明的行为，他却在心里牢牢的记住了，李渊从来就不是一个大度的人，在对自己的子女一方面就更是小心眼，那些东宫的谋士们，他绝对不会让他们好过就是了。
然后，就是尔朱焕与乔公山这两个人，也正是由于他们二人的前来揭发，才让李渊知道了太子违反律法擅自送盔甲给庆州都督杨文干的事，不过，这两个人也的确没有诬告太子谋反，而仅仅只是因为不敢承担违背法令，私自运送盔甲兵器的罪责，想要免于责罚而已，而他们的职责也注定了他们二人只是两个小人物罢了，李渊也不会过多的关注他们。
再然后，则是李渊派往庆州传达命令的宇文颖，当杨文干被杀之后，李渊经过重新的调查才发现，原来当他派出宇文颖向庆州杨文干传达消息的时候，由于宇文颖与齐王李元吉走的近，而齐王又一向与太子亲近的缘故。因此，嘱托宇文颖将仁智宫中所发生的事告诉杨文干，让他造作准备！而如今，杨文干是否是因为宇文颖泄露消息而产生误会，以至最终发动叛乱的，则已经不得而知。当然。与信任太子与秦王一样，李渊也同样不会怀疑自己的三儿子，齐王李元吉，而仅仅将他在这件事情上面的参与，看做是与太子关系亲密的必然做法。